尼希米记第十三章记述了尼希米离开一段时间后回到耶路撒冷，发现百姓已经背弃了遵守上帝律法的诺言。在本书前半部分，他们曾致力于遵守圣约，但现在却允许一些十诫中禁止的行为，例如忽略利未人的份额，并允许那些损害以色列福祉的外邦人影响敬拜。尼希米发现，曾反对重建工作的亚扪官员多比亚，竟然被授予圣殿里的一间储藏室。这直接违反了摩西五经的记载：“亚扪人和摩押人不可入神的会。”（尼希米记13:1）尼希米勃然大怒，扔掉了多比亚的家用物品，清理了储藏室，并将其恢复原状。（尼希米记13:8-9）

尼希米记的最后一章发生在公元前五世纪中后期，当时尼希米回到耶路撒冷，担任波斯帝国（亚达薛西一世统治时期，约公元前465-424年）的总督。从地理位置上讲，耶路撒冷是上帝选民的中心，也是巴比伦流亡后重建圣殿的所在地。尼希米的改革旨在维护这座城市的精神完整性。他发现利未人由于缺乏来自民众的供给而放弃了圣殿的敬拜，于是他重新整理了仓库，并要求民众按照摩西的规定缴纳十分之一（尼希米记13:10-14）。他还强制民众严格遵守安息日，因为他发现许多商人和民众忽视了安息日。通过关闭城门并斥责那些违反安息日的人，尼希米恢复了正确的崇拜节奏和对上帝命令的尊重（尼希米记 13：15-22）。

从圣经的更广阔背景来看，尼希米记第13章彰显了敬虔领袖热心守护敬拜纯洁的重要性。如同他之前的先知一样，尼希米表现出愿意直面罪恶，除去玷污耶和华殿的一切。几个世纪后，耶稣也同样洁净了圣殿，除去了那些玷污神殿的兑换银钱之人（马太福音21:12-13）。尼希米的举动提醒信徒要时刻警惕自满和妥协，这与圣经中贯穿始终、并在耶稣基督身上得到体现的对忠心顺服的呼召如出一辙，他呼召他的追随者要圣洁，就像他自己一样（彼得前书1:15-16）。